Pengelolaan mutu secara internal institusi dilakukan oleh Unit Pengembangan Mutu Akademik (UPMA). Unit ini bertgas untuk mengkoordinasikan pelaksanaan pengendalian mutu pendidikan dan pelayanan akademik di STAIN ponorogo. Pada sistem mutu tersebut, item-item yang dikendalikan dituangkandalam suatu rencana mutu yang meliputi antara lain : persiapan kuliah, pelaksanaan kuliahdan ujian, evaluasi prestasi mahasiswa, evaluasi kinerja dosen, praktek keja, skripsi, ujian sekripsi, wisuda, lulusan, dan pelayanan akademik.

Secara internal, STAIN Ponorogo, sistem manajemen mutu sebagai pengendalian proses perkulian dan pelayanan akademik agar terjadi perbaikan secara terus menerus (countinous improvement) itu dilakukan melalui agenda antara lain : rapat kerja prodi, rapat koordinasi prodi, rapat dewan akademik prodi, pengkajian kurikulum, evaluasi didri pridi, evaluasi kinerja dosen dan pelayanan akademik.

Pada dasarnya evaluasi internal ini efektif dalam mengontrol dinamika manajemen pengelolaan STAIN Ponorogo dalam memberikan pelayanan administrasi dan peningkatan kualitas akademik mahasiswa.